A finales de los años 80 mantuvo una relación con el cantante Carlos Vives, convirtiéndose en una de las parejas más importantes de la farándula colombiana.
Se conocieron en las grabaciones de la novela ‘Gallito Ramirez’ en el que traspasó el amor ficticio a un amor de verdad.
Se casaron en 1988 y dos años después anunciaron su separación, una noticia que rompió el corazón de sus seguidores. En una entrevista Margarita, confiesa que prefirieron seguir su camino artístico aunque seguían profundamente enamorados.
Tras de estar una temporada en España donde realizó estudios de actuación, regresó a Colombia para continuar con su carrera artística en la que se tropezó con el comediante Jaime Garzon, con el que tuvo una relación sentimental efímera.
En el 2003 decidió darle una segunda oportunidad al amor casándose con el empresario Daniel Castello Mallarino, con el que duró menos de un año. Cuenta la actriz que fue una relación de bastantes altibajos, sin embargo, disfrutaron de su compañía.
Decidió darse un tiempo para descansar de las relaciones y enfocar su mente a tener un crecimiento espiritual, profesional y deportivo.
Por medio de BlackBerry, conoció a quien es su actual esposo, el director, fotógrafo y productor Will Van Der Vlugt.
Su actual pareja Will, es una persona con la que conecta intelectualmente sin filtros y que entiende la profesión de Margarita, debido a que trabajan en el mismo medio.
‘’Ha sido una persona muy abierta” comentó la actriz. Además, explicó que ha podido realizar diferentes producciones en la que ha tenido que viajar a diferentes partes del mundo y no ha tenido que darle alguna explicación a su esposo.
Will en su cuenta de Instagram, comparte algunas fotos en las que muestra la belleza de su esposa y como disfruta de su compañía.