En el año 1944 el policía Guillermo Gaviria Londoño, en vista de los desmanes que se producían cada vez que se enfrentaban los equipos de Pereira, decidió proponer la unión de los mismos y formar un solo club que representará a la ciudad. Así fue como nació el Deportivo Pereira.
Antes del 1944 los dos equipos de fútbol más importantes en Pereira eran 'Vidriocol' y 'Otún'. Cada vez que los conjuntos se enfrentaban en la cancha sus hinchas también lo hacían en las calles de la ciudad.
La violencia de los aficionados llevó a Gaviria Londoño a plantearse la posibilidad de una unión entre los dos equipos de fútbol para formar un solo conjunto que representara a la ciudad. Entonces decidió llamar a los líderes de 'Vidriocol' y 'Otún' para plantarles la iniciativa y evitar más desmanes en Pereira.
Fue el 12 de febrero de ese año cuando finalmente Guillermo Gaviria, Pedro Patiño ‘Peruco’, Luis Carlos Marulanda, Rogelio Díaz ‘Control’, Faustino Chiquito y los hermanos Gabriel y Hernando Cardona Rojas, se unieron para confirmar la Corporación Social Deportiva y Cultural de Pereira Corpereira, razón social oficial del Deportivo Pereira.
El debut del equipo de fútbol en la Categoría Primera A fue contra el contra el conjunto de la Universidad Nacional en 1949. El partido quedó 1 - 2 perdiendo el Deportivo Pereira.
El primer gol del equipo fue concretado por el jugador ecuatoriano Humberto Suárez y la primera victoria llegó en el año de su debut cuando jugó contra el Atlético de Bucaramanga a quien derrotó con un dos a uno.
En 1966 estuvo muy cerca del título en el fútbol profesional colombiano, cuando era dirigido por el técnico paraguayo César López Fretes. El Deportivo Pereira ocupó el tercer lugar de la competencia en ese momento y es una de las tres veces que más se acercó al título.
Como el técnico de ese entonces, han sido varios los paraguayos que han pasado por el conjunto matecaña y que han dejado un gran legado. Y no se trata únicamente de profesionales que han hecho parte de la plantilla o el cuerpo técnico sino de otras personas que entregaron su corazón al equipo.
Entre esos personajes están Cecilia Monsalve, popularmente conocida como 'Chila', una mujer que toda su vida fue hincha fiel del Deportivo Pereira. También el del padre Antonio José Valencia, quien no sólo impulsó la construcción del estadio, sino que desde el púlpito irradió a sus fieles el amor por el conjunto matecaña.
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Tras acercarse tres veces a la victoria, en el Torneo Adecuación 1997 Deportivo Pereira descendió y estuvo durante tres años en la segunda división. Más adelante, en el año 2000, de la mano del director técnico Walter Aristizábal, el equipo ganó el torneo de la Categoría Primera B y regresó a la primera división.
En el 2011 volvió a descender y dos años más tarde el equipo entró en una crisis administrativa. En octubre de 2013 Coldeportes anunció que le retiraría el reconocimiento deportivo al equipo debido a su reincidencia en el incumplimiento de obligaciones laborales.
Tras pagar más de 180 millones de pesos a sus acreedores, en enero del 2014 Deportivo Pereira recibió nuevamente el reconocimiento deportivo pero fue hasta el 2019 que regresó a la Categoría Primera A. Sin embargo, el equipo sigue sin recibir su primer título en el fútbol profesional colombiano.
